Thời kỳ Perestroika đã chứng kiến đảng này ngày càng trượt dốc thảm hại, cũng được đánh dấu bởi cuộc các bạo loạn tháng 11. Lãnh đạo đảng Semion Grossu đã được thay bằng với Petru Lucinschi trên ngày 16 tháng 11 năm 1989. Sau khi Đảng Cộng sản đã được hợp pháp hóa một lần nữa được Quốc hội của nước Cộng hòa Moldova vào ngày 7 tháng 9 năm 1993, đảng này được tái lập thành Đảng của những người Cộng sản Cộng hòa Moldova, mà đã trở thành đảng lớn nhất ở Moldova kể từ cuộc bầu cử năm 2001, và đảng cầm quyền từ 2001-2009. Một đảng cộng sản được thành lập vào năm 2012, Đảng Cộng sản Moldova (2012), tuyên bố Đảng của những người Cộng sản Cộng hòa Moldova không phải là cộng sản mà là Dân chủ Xã hội.